Tác giả Nguyễn Thế Anh trong sách Kinh tế & xã hội Việt Nam dưới các triều vua nhà Nguyễn nêu các nguyên nhân thất bại của phong trào Cần Vương:

1. Tính chất địa phương: sự thất bại của phong trào Cần Vương có nguyên nhân từ sự kháng cự chỉ có tính chất địa phương. Các phong trào chưa quy tụ, tập hợp thành một khối thống nhất đủ mạnh để chống Pháp. Các lãnh tụ Cần Vương chỉ có uy tín tại nơi họ xuất thân, tinh thần địa phương mạnh mẽ làm họ chống lại mọi sự thống nhất phong trào trên quy mô lớn hơn. Khi các lãnh tụ bị bắt hay chết thì quân của họ hoặc giải tán hay đầu hàng.[3]
2. Quan hệ với dân chúng: các đạo quân này không được lòng dân quê nhiều lắm bởi để có phương tiện sống và duy trì chiến đấu, họ phải đi cướp phá dân chúng.[3]
3. Mâu thuẫn với tôn giáo: sự tàn sát vô cớ những người Công giáo của quân Cần Vương khiến giáo dân phải tự vệ bằng cách thông báo tin tức cho phía Pháp. Những thống kê của người Pháp cho biết có hơn 20.000 giáo dân đã bị quân Cần Vương giết hại.[4]
4. Mâu thuẫn sắc tộc: Chính sách sa thải các quan chức Việt và cho các dân tộc thiểu số được quyền tự trị rộng rãi cũng làm cho các sắc dân này đứng về phía Pháp. Chính người Thượng đã bắt Hàm Nghi, các bộ lạc Thái, Mán, Mèo, Nùng, Thổ đều đã cắt đường liên lạc của quân Cần Vương với Trung Hoa làm cạn nguồn khí giới của họ. Quen thuộc rừng núi, họ cũng giúp quân Pháp chiến tranh phản du kích đầy hiệu quả.[5]

Theo Đào Duy Anh, ngoài việc thiếu liên kết và thống nhất về tổ chức (tương tự như "tính chất địa phương" mà Nguyễn Thế Anh phản ánh), phong trào Cần Vương còn có những nguyên nhân thất bại khác[6]:

1. Nền sản xuất lạc hậu, kém phát triển làm nền tảng, vì vậy vũ khí thô sơ không thể chống lại vũ khí hiện đại của Pháp.
2. Lực lượng và chiến thuật: các cuộc khởi nghĩa không đủ mạnh, chỉ có thể tấn công vào những chỗ yếu, sơ hở của địch; không đủ khả năng thực hiện chiến tranh trực diện với lực lượng chính quy của địch.
3. Tinh thần chiến đấu: Ngoại trừ một số thủ lĩnh có tinh thần chiến đấu đến cùng và chết vì nước, không ít thủ lĩnh quân khởi nghĩa nhanh chóng buông vũ khí đầu hàng khi tương quan lực lượng bắt đầu bất lợi cho quân khởi nghĩa, khiến phong trào nhanh chóng suy yếu và tan rã.